Considerat unul dintre cele mai reusite romane ale autorului, Samuraiul surprinde momentul persecutiei crestine in Japonia, povestind intimplarile prin care trec primii japonezi ce pasesc in Europa. Dintre emisarii trimisi de Japonia in 1613 pentru a duce tratative si a stringe relatiile cu puterile europene, prin intermediul viceregelui Mexicului si al Papei Paul al V-lea, fac parte un misionar franciscan stabilit in Japonia – un personaj ambitios, care spera sa obtina o serie de privilegii pentru a-si infiinta propriul ordin la intoarcerea in tara – si Rokuemon Hasekura, un simplu samurai. Calatoria, dificila, primejdioasa si foarte lunga, se dovedeste a fi un esec. Tragismul situatiei se rezolva spectaculos in finalul cartii: in fata deziluziei si a mortii, samuraiul Rokuemon afla sprijin si consolare doar din partea unui Dumnezeu crestin in care nici nu stie sigur daca crede.